依附于宗教的古代科学与宗教同根同源，古代科学萌芽于原始宗教，两者的界限非常模糊，具有发生学上的同源性特点。

在上古时期，宗教似乎总是统领着科学的发展，教会掌握着更多的知识，并且建立了服务于宗教的科学理论基础。而到了近代，随着自然科学的发展，人们逐渐发现了宗教中宣传的不少科学理论存在漏洞，最终近代科学推翻了宗教理论。而在这之后，宗教也逐渐认识到应当从科学中完善自己的教义，于是教会开始通过科学理论完善自己的宗教理论。而如今，宗教和科学可以说是相互平行，却又有所交流。这里就要引入宗教和科学的五种相处模式。

其一是对立。这一模式，集中体现在近代自然科学出现之后。在近代自然科学出现之前，还没有很明显的对立，虽然有少数的人提出对于宗教主导科学中部分理论的异议，但并没有产生大的影响，也未能推翻宗教理论。这种情况持续到了“哥白尼革命”。“哥白尼革命”是科学与宗教的第一次碰撞——日心说取代了地心说。这是近代自然科学对宗教理论的一次抨击。在这之前，教会一直以托勒密的地心说为正统思想，并且以此来完善自己的宗教理论和解释《圣经》。这一次的碰撞后，对《圣经》文本的解释问题被摆上了台面，因为《圣经》的很多章节的论述，与日心说直接冲突。随后，自然科学的发展逐渐击破了宗教学说。再如，解剖学打破了“男人比女人少一根肋骨”的说法，进化论动摇了“人是神创造出来”的说法，人类对于光的性质的探寻，也在逐步击破宗教领域“神说要有光，于是有了光”的说法。在这一种模式下，是近代自然科学逐渐尝试推翻旧的宗教理论的尝试。

其二是独立。宗教和科学也具有相对独立性。宗教的发展和科学的发展可以是两条不同的线。就是科学的发展不一定会受到宗教的控制，而宗教理论的完善也不一定会受到科学的影响。一方面，他们在时间上是相对独立的。在社会和平时期，科学是社会发展的主流，成为社会发展进步的主要动力之一，宗教则相对退居二线；而在社会动荡的时期，宗教则起到了支撑的作用，而自然科学则相对没那么有用。例如，在我国魏晋时期，由于社会混乱，各类宗教盛行，“修仙”的人也不少，而除了清谈以外，很少有人特别注重于理论和科技的研究；而在国内社会相对稳定的唐宋，就能有不少的发明创造出来，我国四大发明中的三大都是在那个时期出现的，一直沿用到清代的曲辕犁也是这个时期发明的，在这个时期宗教的影响相对也较小，除了武则天尚佛之外，其他时候相对来说影响力没有那么大。另一方面，他们在学说上的相互独立的，二者研究的方向是不同的。也可以说，宗教和科学是“平行”的。二者学说的不同，体现在宗教比较不注重自然科学，而更加注重人文与虚幻的神学；而科学相对来说不会关注人文，他们更多地关注自然界的规律，以及这些规律是如何造福人类的。宗教的研究也许会被科学否定，科学的研究也许会被宗教所反对，但是他们二者之间在大多数问题上，互相不能证伪。

其三是促进。宗教和科学是会互相促进的，科学理论可以帮助宗教的发展，而宗教也会促进科学理论的发展。例如，布鲁诺会大胆支持日心说，本质原因是他信奉的“异端宗教”是不支持教会的地心说的，他借日心说反对教会，但无意中却宣传了日心说，扩大了它的影响。而当牛顿提出了力学定律之后，一种被称为“机械论宇宙观”的观点被广泛传播开来，并且成为了当时信奉“自然神学”的人们眼中“上帝”存在的有力证明。再如哈维提出的血液循环论，这个理论使得信徒们更加相信解决了对于“anima”一词的翻译问题，为英文圣经革命提供了理论基础，从而促进了英国宗教的发展。从上面的几个例子中可以看出，宗教和科学对彼此的促进作用并非有意为之，他们不以促进对方发展为目的，而是在自身的发展与完善中，产生的不自觉的结果。

其四是对话。除了相互促进外，互相对话也是一个重要特点。科学和宗教在对话中主要关注的是两者在问题、方法和概念上的相似性。在科学研究中，科学家们会遇到比较极限的问题，是他们在科学范畴内没有办法寻求到答案的。然而在宗教中，人们却可以找到对于这些问题的一种解释。很有力的例子就是牛顿在研究了大半辈子的科学之后，转向了宗教的研究。值得关注的一点是，在科学与宗教的对话中，人们逐渐发现，唯科学主义和原教旨主义的极端立场在现实中都是站不住脚的，科学理论不能完全取代宗教思想，他有许多无法解决的内容。而宗教思想也不能解释科学理论中的问题，部分思想还会被证伪。

其五是融合。随着科学技术的不断发展与宗教理论的不断完善，宗教和科学如今正逐渐呈现出融合的趋势。例如，宗教和科学都要使用模型的概念。宗教使用了很多的比喻和模型来帮助人们想象那些本身不可能直接观察的东西，而最新的科学理论往往表现为一个理想的数学模型，是一系列物理过程的符号化的表达。现代的宗教，也更多地会使用科学技术来帮助自己。物质上说，一些寺庙都推出了在线支付的功德箱，电子佛经和播放器也在成为一些出家人吟诵经书、制造宗教氛围的重要工具。而科学上，也会运用一些宗教的思想来指导自己，比如规范自己的科研行为，或是运用宗教理论尝试解释科学解释不了的内容。科学与宗教，正在不断地融合在一起。